1953 Mit der Bildung der Bezirke übernimmt das Ministerium für Staatssicherheit die Gebäude an der Töpferstraße und richtet hier ihre Bezirksverwaltung ein. Das Gerichtsgefängnis wird Stasi-Untersuchungshaftanstalt.
Das MfS führt bei politischen Delikten (Republikflucht, „staatsfeindliche Hetze“ etc.) oder bei Delikten von Parteifunktionären und Angehörigen der bewaffneten Organe das Ermittlungsverfahren. Fern rechtsstaatlicher Normen werden Verdächtige in den UHAs des MfS eingesperrt, um in den Verhören Geständnisse und operativ wichtige Informationen zu erpressen. Als Feinde sind die Häftlinge der Staatssicherheit ohnmächtig ausgeliefert.
Die Haftbedingungen in der UHA sind auf Isolation und psychologische Terrorisierung der Häftlinge ausgerichtet. Erst im Laufe des Jahres 1972 lässt man Toiletten und Waschbecken in die Zellen einbauen. Die UHA kann 45 Häftlinge aufnehmen, ist aber im Durchschnitt mit 20 bis 30 Häftlingen belegt, die von 21 (1965) bis 35 (1984) Wachleuten beaufsichtigt werden. Von überregionaler Bedeutung ist die Zusammenarbeit mit dem Militärobergericht Neubrandenburg. Zu verurteilende NVA-Angehörige werden in der UHA des MfS eingesperrt.
Ende der 1970er Jahre wechselt die Bezirksverwaltung nach Neubrandenburg.
1986 Als letzte Einrichtung der MfS-Bezirksverwaltung wechselt die Untersuchungshaftanstalt von Neustrelitz in die neu erbaute Bezirksverwaltung nach Neubrandenburg.
1987 Das Gefängnisgebäude übernimmt die Volkspolizei. Danach wird das Gefängnis nicht wieder als solches genutzt.